Utilizzare la PEC con gli usuali programmi di informatica individuale non è agevole in un contesto professionale o quando i volumi sono significativi. La PEC utilizza una infrastruttura che rende il suo trattamento più complesso rispetto alle normali mail.
Il messaggio spedito è “imbustato” e firmato dal gestore di PEC: chi lo riceve se lo trova in allegato e deve aprirlo per vederne il contenuto. Invece chi invia, per ogni mail spedita, si ritrova nella posta in arrivo una ricevuta di Accettazione e più ricevute di Consegna, tante quante sono i destinatari. Ma un altro aspetto non va sottovalutato: la PEC per sua natura viene usata in contesti aziendali per comunicazioni ufficiali, cioè ad esempio da ufficio ad ufficio, mentre per accedere alla casella di PEC serve una user e password che sono di norma personali.